Sejak awal peradaban, mutan pertama dan paling kuat dari dunia X-Men, Apocalypse (Oscar Isaac), sudah disembah sebagai Tuhan. Kekuatannya berasal dari kekuatan seluruh mutan lainnya, sehingga ia menjadi kekal abadi dan tak terkalahkan. Ribuan tahun berlalu, Apocalypse bangkit kembali dan marah saat mengetahui ia tak lagi diperlakukan sebagai Tuhan. Ia memutuskan untuk membentuk tim yang berisikan mutan-mutan kuat, termasuk Magneto (Michael Fassbender), untuk memusnahkan manusia lalu menata dunia baru yang tentunya akan dikuasai oleh Apocalypse. Demi mengakhiri rencana kehancuran Apocalypse, Raven (Jennifer Lawrence) dan Professor X (James McAvoy) memimpin tim X-Men muda menuju pertarungan hebat dengan musuh yang nampaknya tidak bisa dikalahkan oleh siapapun.