Pada tahun 1950-an, agen Rookie BPRD Bobbie Jo Song ditugaskan mengantarkan laba-laba ke BPRD, namun harus mencari bantuan Hellboy ketika keadaan menjadi kacau. Bersama-sama, mereka melakukan perjalanan ke Appalachia untuk menghadapi Crooked Man, yang telah dikirim kembali ke Bumi untuk mengumpulkan jiwa bagi iblis.