Emilia Perez mengisahkan seorang perempuan yang ditugaskan untuk membantu pemimpin kartel Meksiko yang diperankan oleh Gascon. Pemimpin kartel tersebut melarikan diri untuk menjalani operasi penggantian kelamin demi menghindari pihak berwenang yang kemudian justru mendorong dirinya menemukan identitas gender yang baru.